প্রোটন সংখ্যার উপর ভিত্তি করে পরমাণুর পারমাণবিক সংখ্যা নির্ধারণ হয়। আর প্রত্যেক মৌলেরই আলাদা আলাদা পারমাণবিক সংখ্যা থাকে। ফলে পরমাণুর পরিচয় নির্ধারণ হয় প্রোটন সংখ্যার মাধ্যমে। যেমন: কোনো পরসাণুতে একটি প্রোটন দেখলে আমরা বুঝতে পারি যে পরমাণুটি হাইড্রোজেন পরমাণু; দুটি প্রোটন দেখলে বুঝতে পারি যে এটি হিলিয়াম পরমাণু।
আবার প্রোটন ও নিউট্রনের মোট ভরই পরমাণুর ভর। ফলে প্রোটন পরমাণুর ভর নির্ধারণেও অবদান রাখে।
আবার প্রত্যেক পরমাণুতে সমান সংখ্যক প্রোটন ও ইলেক্ট্রন থাকে। অর্থাৎ পরমাণুর ইলেক্ট্রন সংখ্যা কত হবে তা নির্ভর করে প্রোটন সংখ্যার উপর। ফলে ইলেকট্রন বিন্যাসও সেই অণুযায়ী হয়। এর ফলে পরমাণুটির যোজনী, কোন কোন মৌলের সাথে বিক্রিয়া করবে ইত্যাদি নির্ধারণেও প্রোটনের ভূমিকা রয়েছে। আবার পরমাণুর ধাতু বৈশিষ্ট্য বা মুক্ত ইলেক্ট্রন থাকবে কি না তা নির্ভর করে পরমাণুর ইলেক্ট্রন বিন্যাসের উপর। আর ইলেক্ট্রন সংখ্যা বা ইলেকট্রন বিন্যাস নির্ভর করে প্রোটন সংখ্যার উপর। তাই পরমাণুর ধাতু বৈশিষ্ট্য নির্ধারণেও প্রোটন ভূমিকা রাখে।
এভাবেই পরমাণুর পরিচয় নির্ধারণ, ভর নির্ধারণ, আরও নানাভাবে পরমাণুর ধর্ম নির্ধারণ এবং ভিন্নতা তৈরি করে।
